在做蛋白質凍干制定凍干曲線以板層為依據是由于制品溫度是受板層溫度支配的。控制了板層溫度也就控制了制品溫度。在制定凍干曲線時要考慮的因素：制品不同則共熔點也不同，共熔點低的制品要求預凍的溫度低；加熱時板層的溫度也相應要低些。有些制品受冷凍的影響較大，有些制品則影響較小；一般細菌性的制品受冷凍的影響較大，病毒性的制品受冷凍的影響較小。根據試驗找出一個制品的冷凍速率，以獲得高質量的制品和較短的冷凍干燥時間。另外制品不同，對殘余水份的要求也不同。為了長期保存產品，有些制品要求殘余水份含量低些。有些則要求高些。殘余水份含量要求低的制品，凍干時間需長些。殘余水份含量要求高的制品，凍干時間可縮短。  凍干機性能的優劣直接關系到凍干曲線的制定，凍干機有各種不同的型號，因此它們的性能也各不相同。有些機器的性能好，如板層之間，每板層的各部分之間溫差小；冷凝器的溫度低，冰負荷能力大；凍干箱與冷凝器之間的水蒸汽流動阻力小；真空泵抽速快，真空度好而穩定。