凍干機制冷系統的選用其型式應根據所采用的制冷工質、冷量大小、環境條件和使用場合等綜合考慮進行選擇；其主要尺寸則須通過熱力計算和傳熱計算來確定。

1、 冷凝器的形式

凍干機的冷凝器形式有外置式和內置式二種，

     外置式冷凝器與凍干箱是二個互相獨立的部分，它們之間通過一個帶有隔離閥的大口徑通道相連，這種結構的優點是：凍干箱和冷凝器相距較遠，二者的溫度不會互相影響，進箱和出箱時凍干箱和冷凝器可以關閉閥門而互相隔離，凍干箱進行預凍和出箱，冷凝器進行化霜均可單獨進行，不會互相影響，節省了整個生產周期的時間，缺點是投資成本高些，占地面積大些。

     內置式的冷凝器把吸附升華水蒸氣的盤管或金屬放置在凍干箱內，凍干箱和冷凝器合為一體，其優點是升華通道很近，水蒸汽流動阻力小，制造成本低，占地面積小，缺點是由于冷凝的制冷表面與放產品的板層之間距離較小，在溫度上互相有些影響，凍干結束出箱時冷凝器仍需繼續制冷，否則冷凝器表面的冰會溶化，凍干箱內不斷滴水，影響產品殘余水份的含量，冷凝器化霜時，凍干箱不能進行預凍，影響下一批進箱時間，延長了整個生產周期。